Para empezar, no pretendo decir que estas tecnicas son 100% usadas por programadores grandes pero tal vez si es algo parecido.

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Digamos que quieres hacer un virus… no! es mas, ya lo tienes, tienes tu autorun para las memorias, tienes tu exe, bat, com o lo que quieras.

vease autorun.inf en el foro
http://hackpr.net/foro/index.php/topic,8978.0.html

pero dices: “Quiero ocultarlos al 100, que aunque le den en las propiedades de Windows ver carpetas y archivos ocultos, ¡NO SE VEAN!

Normalmente nos vamos a las propiedades en ambiente grafico y  le damos a las casillas “Oculto” y “Solo Lectura” pero eso no es suficiente.

Si queremos ocultarlo casi al 100 (diria como un 75%, ahora explico porque) tenemos que irnos al Simbolo del sistema de Windows (Yo lo hice en XP, no se que onda con Vista)
Haremos estos pasos dentro del simbolo del sistema.

1)Nos ubicamos en donde estan nuetros archivos para ocultar bonito (nuestro virus si quieres llamarlo asi)

2)tecleamos lo siguiente:

attrib +s +h +r /s /d

Leer mas …. http://hackpr.net/foro/index.php/topic,9433.msg48853/topicseen.html#msg48853

Hay gente que cree que con el simple hecho de meter una memoria USB se ha infectado la maquina, pero me permito decir que no es así. (creo) 

Cuando una PC esta infectada de un virus, el colocar nuestra memoria en el puerto USB significa que hemos sido infectados, pero cuando vamos a una PC limpia de virus ¬_¬ nos aparece que podemos abrir nuestra memoria de manera normal

;Comienza  nuestro archivo de información.

[AutoRun]

;nos dice que abrira cuando le demos doble click

open=

;cuando hacemos click izquierdo nos pone un texto en negritas, ese es el comando de la shell, pues al hacer click a ese comando no dice que abra cierto archivo que deseemos que sea exe

shell\open\Command=

;se determina que se abra el archivo en la primera instancia de la shell

shell\open\Default=1

;el mensaje que dara en primer lugar del menu contextual del mouse

Lee mas….  http://hackpr.net/foro/index.php/topic,8978.msg48854/topicseen.html